Prirodnjački muzej u Beogradu je jedna od najstarijih srpskih nacionalnih ustanova. U Srbiji on predstavlja jedini muzej tog tipa. Po bogatstvu i raznovrsnosti izložbenih primeraka, ostvarenim rezultatima u oblasti muzeologije i nauke ovaj muzej je jedan od najznačajnijih u jugoistočnoj Evropi. Zvanično je osnovan 1895. godine, i tada je nazvan Jestastvenički muzej srpske zemlje.
Pre osnivanja Muzeja, još u prvoj polovini 19. veka u tadašnjoj Kneževini Srbiji postojao je veliki broj prirodnjačkih zbirki, koje su čuvane u Prirodnjačkom kabinetu Velike škole (Liceja). Muzej je prvobitno bio smešten u Zadužbinskoj kući Stevče Mihajlovića na Vračaru.
Josif Pančić smatra se utemeljivačem Prirodnjačkog muzeja, koji je sa grupom svojih saradnika i učenika sistematski prikupljao i proučavao primerke iz prirode. Bio je prvi predsednik Srpske kraljevske akademije i profesor Velike škole. Detaljno je istražio floru tadašnje Srbije, a otkrio je i opisao oko 50 i danas validnih, za nauku novih vrsta (Picea omorica, Ramonda sebica, Eryngium serbicum, Centaurea derventana i druge).
Prva izložba muzeja otvorena je 1904. godine u Beogradu u prisustvu Kralja Petra I i zvaničnika, a prvo gostovanje prirodnjačkih eksponata u inostranstvu bilo je iste godine na Svetskoj izložbi u Parizu. Prvi upravnik Muzeja bio je akademik Petar Pavlović, geolog i predavač na Velikoj školi.
