Muzej Srpske crkve se prvi put pominje u arhivskim dokumentima iz prve polovine XIX veka. 1851. godine, na episkopskoj konferenciji u Beču, patrijarh Josif Rajačić je tražio da se osnuje Srpski narodni muzej, što austrijske vlasti nisu dozvolile. Isti zahtev je ponovljen i 1870. godine.
Mitropolit srpski Petar Jovanović je 1856. godine apelovao je na sveštenstvo Kneževine Srbije da sakupljaju "srpska živopisna dela" kako bi se otvorio "Srpski muzeum". Od prikupljenih ikona i umetničkih slika, ustanovljena je u prostorijama Beogradske mitropolije, umetnička galerija, 1858. godine. 1868. godine ova zbirka preneta je u beogradski Narodni muzej.
Mitropolit srpski Mihailo je nastavio rad na sakupljanju crkvenih dragocenosti ali su one deponovane u Narodnu biblioteku i Narodni muzej.
Nakon njega, Mitropolit Inokentije Pavlović, predložio je 1899. godine Svetom arhijerejskom saboru da se odredi izvesna suma "iz crkvenih fondova za kopiranje slika svih onih mitropolita Srbije, čije se slike mogu naći, te da se na taj način osnuje galerija mitropolitskih slika pri mitropoliji Srbije".
1927. godine Sveti arhijerejski sabor SPC doneo je odluku da se izradi Pravilnik i da se omogući da svaka eparhija osnuje svoj crkveni muzej i biblioteku.
Početkom 1937. godine, stekli su se uslovi za ponovno formiranje Muzeja srpske crkve sklapanjem ugovora između Kraljevine Jugoslavije i Srpske pravoslavne crkve o zakupu Konaka kneginje Ljubice u Beogradu, na pedeset godina, za potrebe smeštaja Muzeja. Početkom 1940. godine, nabavljene su vitrine za izlaganje muzejskih eksponata, a otvaranje postavke Muzeja predviđeno je za mesec oktobar 1940. godine. Novonastale predratne prilike omele su ostvarivanje ove zamisli, i juna meseca iste godine sve osoblje Crkvenog muzeja razrešeno je svojih dužnosti. 1942. godine dr Radoslav Grujić ponovo postavljen za upravnika Muzeja i na tom položaju je ostao sve do 1948. godine kada ga je nasledio prof. Svetozar St. Dušanić.
